Sự khác biệt của tín ngưỡng thờ Sơn Trang và Tứ Phủ biểu hiện thông qua cách thờ cúng và tín ngưỡng. Điều này cho biết sự khác biệt tín ngưỡng ở các vùng miền thể hiện sự khác biệt văn hoá tín ngưỡng tôn giáo của người Việt Nam. Đa phần tín đồ tin rằng Chúa Đệ Nhất Sơn Trang trong Tam Toà Sơn Trang chính là Mẫu Thượng Ngàn của Tứ Phủ. Tín ngưỡng thờ Mẫu có xuất xứ ở miền núi phía Bắc Việt Nam, gắn liền với cuộc sống của đồng bào dân tộc thiểu số. Khi du nhập vào Tứ Phủ, tín ngưỡng dân gian còn lưu giữ lại nhiều nét đặc sắc riêng. Hầu hết các điện thờ Tứ Phủ đều có cung Sơn Trang tách biệt ngay sát ban Thờ, hoặc đôi khi có thêm cung Sơn Trang tách biệt trong điện thờ.